Jaraknya yang terletak kira-kira 30 kilometer dari pusat bandar membayangkan betapa sayapnya pemandangan masyarakat akan kedudukan Sek.Men.Agama Al-Ittifaqiyyah Guai, apatah lagi struktur pembangunannya yang terletak hampir di pinggir sungai pahang. Didirikan pada hari
khamis 16 Oktober 1947 bersamaan 1 Zulhijjah 1366 Hijjrah. Dengan berbekalkan usaha keringat empat kerat dan kegigihan serta muafakat bersama seluruh masyarakat kampung Guai, terbinalah sekolah ini pada awalnya di atas tanah seluas 2 ekar yang dibeli dari sumber kewangan hasil sumbangan / derma orang ramai. Pada awalnya pembinaan, kerja-kerja dilakukan secara gotong royong dengan pembahagian tugas kepada beberapa peringkat, orang kampung bekerjasama menarah kayu-kayan hutan, memasang lantai, dinding dan atap dari daun serdang. Bermula dari sinilah terukirnya nama
“ITTIFAQIYYAH” yang bermakna muafakat dan kerjasama di antara satu sama lain. Sekolah ini di tadbir pada awalnya oleh seorang ulamak yang bergelar Tok Guru Haji Abd. Majid bin Buyong.
Pada awal tahun 1950, Allahyarham Tun Abdul Razak bin Dato’ Hussein yang menyandang jawatan sebagai Setiausaha Kerajaan Negeri Pahang ketika itu membuat lawatan rasmi ke sekolah ini dan dengan tulus hati telah menyalurkan peruntukan bagi menggantikan atap dari daun serdang kepada atap zink.
Segala berubah dari saat ini, kehadiran ibu bapa dari kebanyakan kampung-kampung berhampiran dan daerah telah mula memperlihatkan minat untuk menghantar anak-anak mereka menuntut ilmu agama dan belajar kitab di sekolah ini. Diwaktu itu tiada kemudahan perhubungan jalanraya ke Kampung Guai melainkan melalui jalan air dengan menaiki bot sungai sahaja. Apabila jalan tanah merah (Jalan balak yang dibina oleh Syarikat Pembalakan ketika itu) diwujudkan, keadaan sekali lagi berubah apabila semakin ramai ibu bapa menghantar anak-anak mereka ke sini. Kali ini ada yang datang dari luar Negeri Pahang. Sekali lagi pihak pentadbiran sekolah waktu itu menghadapi masalah menyediakan penempatan penghuni yang hendak tinggal di asrama sehinggalah
Pada akhir tahun 1955, asrama tersebut dapat dibina secara bergotong royong di atas tapak tanah yang diwakafkan oleh seorang hamba Allah yang cinta dan dahagakan pembangunan agama di kawasan ini. Bangunan asrama yang proses pembinannya dilaksanakan sepanjang bulan Ramadhan selepas solat tarawih sehingga ke subuh dari kerja-kerja menggali dan meratakan tapak sehinggalah siap sebuah bangunan asrama yang boleh diduduki seawal Syawal bergema.
Keadaan ini berlarutan sehingga 30 tahun lamanya. Setelah sekolah ini diambilalih oleh Kerajaan Negeri Pahang melalui Jabatan Agama Islam Pahang pada tahun 1998, kini segalanya berubah secara beransur-ansur. Dalam usia singkat pengambilalihan ini, Bahagian Khidmat Dan Pengurusan Jabatan Agama Islam Pahang telah menyiapkan satu blok Asrama Perempuan pada kos pembinaan sebanyak RM 444,379.64 (Ringgit Malaysia : Empat ratus empat puluh empat ribu tiga ratus tujuh puluh sembilan dan sen enam puluh empat). Dan telah dihuni oleh pelajar pada pertengahan tahun 2001 sehingga kini
Dalam pada itu juga pihak sekolah sedang giat menjalankan usaha-usaha pembaikan kecil dan pengubahsuaian pada bangunan sediaada untuk dijadikan asrama lelaki, kantin,dewan makan dan dapur asrama (penempat sementara) dengan kos perbelanjaan yang disalurkan oleh pihak Khidmat Pengurusan (Kewangan) Jabatan Agama Islam Pahang. Tindakan seumpama ini terpaksa terpaksa dilakukan berikutan ujuran kemasukan pelajar yang kian bertambah setiap tahun yang datangnya dari SMA AL-KHAIRIAH, SMA AL-WOSTO, SMA AL-IKHSAN dan ada juga dari kebanyakkan negeri di Semenanjung Malaysia.
Justeru, Sekolah Menengah Agama Al-Ittifaqiyyah Guai wajar mengalami perubahan penstrukturan yang radikal dari segi pembangunan dalam usaha merealisasikan hasrat untuk melahirkan Pelajar Cemerlang, Sekolah Gembilang, Guru Terbilang Dan Ummah Dijulang menjelang Wawasan 2020.
